Лучше бы вы перед внесением малахитового зелёного подменили бы процентов 25 воды в акве.
Фильтр при использовании малахитового зелёного отключать не нужно, по крайней мере если в нём нет угля или угольных губок. Просто потому что малахитовый зелёный никак не действует в терапевтических концентрациях на полезные бактерии, которые могут жить в фильтре. Хотя вряд ли в вашем фильтре в акве на 20 л живет существенное количество бактерий (основная часть их живёт в/на грунте).
Зато сутки в отключённом состоянии в фильтре всё равно всё погибнет, даже если там кто-то и был...
Но если уж вы отключили фильтр, не забудьте его промыть перед тем, как вернёте обратно в акву и включите, а то вся тухлятинка попадёт в воду и отравит водичку.
В случае использования малахитки против костиоза улучшение обычно проявляется на 3-4-й день. Какого результата "отходит" вы ждали сразу после ванночки?
В качестве карантинной или больничной ёмкости для одного мечика на несколько дней можно использовать обрезанную пластиковую 5-литровую бутыль из-под питьевой воды.
Но будьте внимательны, возможно, это не костиоз, а начало колумнариса: http://plants.aqa.ru/publications.php?query=16 Лечить его нужно купочными ванночками в отдельной ёмкости Антибаком-250 или Бактопуром-Директ.
PS. А скажите, вы мечей докупили к своим 3 золотым рыбкам?