А какого цвета эти шишечки?. Вполне могут быть улитки - катушки. На растениях очень часто бывает их икра. В последствии из них вылупляются крошечные коричневые улиточки, сначало и правда напоминают точки - шишечки.

Промывать ничего не надо, без рыб зараза (которая вряд ли у вас есть ) все равно не выживет. Ну а если думать, что водоросли, то для запуска акваса лучше растючку быстрорастущую для начала, такие растения (роголисник, мох яванский, валлиснерия) не оставят водорослям питания в воде. Крипта всеж корневое растение, а если аквас новый, то в грунте питания для корней очень мало, может загнуться растение без подпитки. Ну соответсвенно и свет нужен подходящий.